エラー：'file:///xyz' という場所を開けませんでした。このファイルを扱うアプリケーションが登録されていません。

デフォルトのファイルマネージャーを Thunar など他のものに変更して、その後 Thunar などを削除した場合、アプリケーションの実行ダイアログでパスを入力したり（※）、場所メニューからフォルダーを指定しても Nautilus で開かないことがあります。

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別に解決策を見つけたわけではありませんが、（※）の場合の対処策を見つけましたので紹介します。

1） パスの前に "nautilus" を付加して実行する。
例： nautilus /home/ubuntu

2） 「場所を開く」ダイアログを使う。
ショートカットキーを使ったりクリックしたりしてデスクトップにフォーカスを移し、次に Ctrl + L キーを押します。場所を開くダイアログが表示されるので、パスを入力して実行します。