これはただ単にそのドライブがマウントされていないために起こります。マウントの意味は、ここではただ単に「メディアを利用可能にするための操作」と思ってください。
詳細はマウントとは - Linuxキーワード：ITproをご覧ください。
Ubuntuでは、接続したリムーバブルメディアは自動的に認識・マウントされてデスクトップに表示されるようになります（※1）。さらに、自動的にそのメディアがフォルダウィンドウで開きます（※2）。
しかし、（USB ブートしている私の環境では）内蔵 HDD については、認識はされるものの自動的にマウントはされません。内蔵 HDD 内に保存されたファイルをアプリケーションからアクセスするには、はじめにマウントしなければなりません。
マウントするには、パネルの場所メニューやコンピュータ（computer:///）フォルダ、ファイルブラウザの場所サイドペインから目的のメディアをクリックして開くだけです。マウントすると、デスクトップにそのメディアが表示されるようになり、アプリケーションからもそのメディア内のファイルにアクセスできるようになります。
マウントを解除することをアンマウントといいます。アンマウントするには、デスクトップやコンピュータフォルダ内にあるメディアのアイコンを右クリックして、アンマウント（U）を選択します。または、ファイルブラウザの場所サイドペインにある、メディアのアンマウントボタンをクリックします。
※1 マウントしたメディアをデスクトップに表示しないようにすることもできます。
Ubuntu Tweak というツールを利用します。これは様々な隠し設定を手軽に変更することのできるツールです。Windows における窓の手のようなものです。
- Ubuntu ソフトウェアセンターからインストールします。
- インストールが完了したら、パネルからアプリケーション〉システムツール〉Ubuntu Tweakと選択します。
- Ubuntu Tweak が起動したら、左側のカテゴリ一覧からデスクトップアイコンの設定をクリックし、右ペインのマウントしたボリュームをデスクトップに表示のチェックボックスをオフにします。
※2 マウントしたメディアを自動的にフォルダウィンドウで開かないようにすることもできます。
- パネルからシステム〉設定〉ファイル管理と選択します。
- ファイル管理の設定ダイアログが開いたら、メディアタブをクリックし、メディアを挿入したら閲覧する（R）チェックボックスをオフにします。
- 閉じるボタンをクリックします。
